Od XVI do początku XVIII wieku
W 1526 roku do Polski zostało włączone Mazowsze, co przyśpieszyło proces ustołeczniania Warszawy. Kraków w tamtych czasach jeszcze się trzymał, jednak był to już zmierzch jego dawnej świetności. Zygmunt August coraz częściej przebywał na Zamku Warszawskim, przez co dzielił swój dwór między Kraków i Warszawę. Pobyt króla był kolejną oznaka stołeczności miasta. Kraków przestał być atrakcyjny, gdyż Warszawa miała bardziej atrakcyjne położenie, które było zbliżone do centrum ówczesnych granic kraju. Było stąd bliżej nad Bałtyk i Litwę, a na przełomie XVI i XVII wieku był to główny teren aktywności politycznej Polski.
Po śmierci Zygmunta Augusta podwarszawskie wsie stały się miejscem elekcji nowych władców. Sprawiło to iż wybrańcy na stałe osiedlali się w pobliskiej Warszawie, dzięki temu miasto stało się oficjalną rezydencją królów polskich.
Od XVI wieku Warszawa staje się miejscem obrad sejmów walnych Rzeczpospolitej. Siła tradycji jest w Polsce bardzo silna, co sprawiło, ze mimo zmian Kraków nadal utrzymywał tytuł stolicy Polski. Warszawie do końca Rzeczpospolitej przysługiwała nazwa „Miasta Rezydencjonalnego Jego Królewskiej Mości”. W dziejach nowożytnych Rzeczpospolitej ośrodkiem stołecznym jest Warszawa, a Kraków pozostaje miejscem ceremonii i obrzędów. Spośród wszystkich koronacji królewskich tylko dwie miały miejsce w Warszawie. Królowie przyjeżdżali na koronację do Krakowa, by zyskać oficjalne, tradycyjne objęcie rządów. Tutaj również chowano wszystkich władców. Kraków z biegiem czasu stawał się więc „muzeum” i cmentarzyskiem władców.
